События игры S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти разворачиваются вскоре после окончания событий игры S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля. Обнаружив свободную дорогу к центру Зоны, правительство решило провести масштабную военную операцию под названием "Фарватер", задачей которой являлось взятие под контроль всех блоков ЧАЭС. Согласно плану операции, первая группа военных должна была провести разведку территории с воздуха, чтобы нанести на карту расположение аномальных полей. Эти карты должны были обеспечить успех второй группы. Несмотря на тщательные приготовления, операция завершилась провалом. Почти все вертолеты из состава первой группы потерпели крушение. Чтобы собрать информацию о причинах неудачи, служба безопасности Украины отправила в центр Зоны своего агента. С этого момента все зависит от вас...