Minecraft: Story Mode предлагает отправиться в популярный мир, но уже в виде сюжетного приключения. Проект является не аддоном, а отдельной игрой, где сюжет, как и в других играх Telltale Games, развивается в зависимости от принимаемых игроком решений. Сюжет Minecraft: Story Mode, как сейчас принято, поделен на несколько эпизодов, составляющих первый сезон. Протагонистом выступает Джесси, который, как и его друзья, боготворит легендарный Орден Камня – четырех героев, убивших Дракона Эндера. Во время ЭндерКона, Джесси с друзьями понимают, что что-то не так... произошло что-то ужасное. Начался настоящий террор, и теперь героям необходимо отыскать Орден Камня, чтобы они не дали погибнуть миру.