Серия базируется на классических сказках Льюиса Кэрролла «Алиса в Стране Чудес» и «Алиса в Зазеркалье». Однако, в отличие от произведений Кэрролла, игра представляет другой вариант Страны Чудес — мрачный, наполненный жестокостью и насилием. Вскоре после описанных Кэрроллом приключений Алисы в её доме случается пожар. Родители Алисы погибают, сама она спасается, получив серьёзные ожоги и психические травмы. Вскоре она оказывается в психиатрической лечебнице Рутледж (Rutledge Asylum), где проводит несколько лет. Лечение, оказываемое ей в Рутледже, не даёт эффекта — Алиса не реагирует ни на что происходящее вокруг, пребывая в состоянии кататонии. Сознание Алисы заблокировало чувство вины — она считает себя ответственной за смерть родителей, так как чувствовала сквозь сон запах дыма, но не пожелала просыпаться, покидать Страну Чудес. Лечащий врач Алисы в качестве эксперимента даёт ей в руки её детскую игрушку — кролика. Это вызывает толчок в её сознании, Алиса снова оказывается в Стране Чудес, но уже обезображенной её больным разумом.