- Два демона вместо одного в команде.
- Возвращена обратно старая система рекрутинга через диалоги.
- Сражения только на специальных локациях, больше не придется отвлекаться на однообразные сражения с низкоуровневыми монстрами оббегая в поисках какого-нибудь персонажа различные городские районы.
- Телепортация с каждого сэйв поинта в ГомаДэн (это там и происходит скрещивания всех собранных демонов, ну и попутно полечиться можно и меч прокачать).
- Введена неплохая система побочных квестов.
- Появление Маджинов. В момент обновления лунного цикла есть шанс почувствовать злостное присутствие, это знак что следующим врагом будет Маджин, аналог Смерти из Persona 3. Убежать от него нельзя, а убить довольно трудно, но можно откупиться, если не жалко денег, маны и жизней демонов.
- MP каждого демона заменены на единый параметр Mag у Райдо, который можно восстановить, убивая врагов, ну или просто поспав в офисе.
- Возвращена полюбившаяся многим система мировоззрения героя (Chaos/Neutral/Order влияет она на игру конечно не так сильно, как например в SMT: Nocturne, но все равно приятно иметь хоть какую-то возможность выбора).
- Акцент в сюжете сделан в большей степени на "исторически корректную" Японию, нет больше огромных трансформеров разрушающих все что можно, киборгов и запуска ракет.